Tradicionalmente, aplicações em SFC são focadas em separações de compostos quirais ou de baixa polaridade. No entanto, de acordo com o avanço em performance de sistemas e tecnologia de fabricação de colunas, há a possibilidade de análise de compostos mais polares e aquirais.
Adicionalmente, a técnica de SFC pode ser uma boa ferramenta para a separação de compostos que não puderam ser separados nas técnicas de CG e HPLC.
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